Основная водная магистраль города — река Нева. Река Нева начинается из Шлиссельбургской губы Ладожского озера, а впадает в Невскую губу Финского залива. Общая протяженность Невы – 74 километра. В черте города есть множество (в сумме не менее 93-х) рек, рукавов, протоков и каналов (общей длиной около 300 км, в том числе около 20 искусственных каналов общей протяжённостью свыше 160 км. 

За время существования Санкт-Петербурга гидрологическая сеть города претерпела существенные изменения. Строительство города в низком болотистом месте потребовало сооружения каналов и прудов для осушения. Вынутая при этом земля использовалась для повышения поверхности. В конце XIX века дельта Невы состояла из 48 рек и каналов, образующих 101 остров. С течением времени многие водоёмы теряли своё первоначальное значение, загрязнялись и засыпались. В XX веке в результате засыпки каналов, протоков и рукавов число островов сократилось до 42. 

Перед тем, как влиться в Финский залив, Нева разветвляется на множество рукавов, среди которых: Малая Нева, Мойка, Фонтанка, канал Грибоедова, Кронверский и Крюков каналы, Обводной канал, Черная речка, Малая и Большая Охты, Малая, Средняя и Большая Невки и другие реки и каналы. Все эти многочисленные большие и малые реки и каналы образовали множество островов, на которых и расположился Санкт-Петербург, который еще называют Северной Венецией.

Прогулка по рекам и каналам Санкт-Петербурга дает возможность полюбоваться живописными видами Петербурга,

Многие реки и каналы Санкт-Петербурга упоминаются в литературных произведениях классиков. Среди них знаменитый канал Грибоедова. Прародительницей канала Грибоедова можно считать небольшую извилистую речушку Кривушу. Когда по ряду причин в середине 18 века было решено расчистить и углубить эту реку, протекающую в центре Петербурга, то неправильное русло реки Кривуши не стали выравнивать, поэтому канал Грибоедова (вначале канал Екатерины II) отличается от остальных каналов Санкт-Петербурга своей траекторией.

Не менее известна и река Фонтанка, проплывая по которой можно увидеть множество памятников архитектуры среди которых и Измайловский (Троицкий) собор, а также Михайловский замок – резиденцию императора Павла I. А Черная речка приобрела печальную известность благодаря дуэли между А.С. Пушкиным и Ж.Ш. Дантесом.

Сегодня ещё одна река Санкт-Петербурга – Мойка – имеет достаточно скромные параметры. Максимальная ее глубина немногим больше 3 метров, а ширина – 40 метров. А вот во второй половине 18 века Мойка была крупной водной артерией, по которой передвигались грузовые суда. А вода была настолько чистой, что ее можно было употреблять не только в технических целях.