Осенью 1404 года амир Тимур вернулся из похода против султанов Баязида Йылдырыма и Фараджа ан-Насира, который начался в 1399 году. Амир отдал распоряжение о постройке специального парадного мавзолея (макбара) в честь своего внука Мухаммад-Султана, умершего в 1403 году. В феврале 1405 году, во время похода в Китай, и сам амир Тимур (мир ему) предстал перед ликом Всемилостивого и Всемогущего. Тело правителя перенесли в склеп нового мавзолея (макбара) после окончания его строительства, и тогда мавзолей (макбара) Мухаммад-Султана получил название “ Гур-Эмир ” - “усыпальница эмира”. Мавзолей (макбара) вскоре превратился в место погребения ближайших потомков и соратников Тимура. Здесь покоятся его сыновья Омар-Шейх, Шахрух, Миран-Шах, его внуки Мухаммад-Султан и великий мирзо Улугбек. Здесь же упокоили и прах шейха Мир-Саида Береке, до сих пор почитаемого в Узбекистане. В комплекс мавзолея также входили, медресе, мечеть, ханака (странноприимный дом для паломников, обитель дервишей). В 1424 году мирзо Улугбек распорядился пристроить просторную арочно-купольную галерею (сейчас она называется галерея Улугбека). В то же время с запада к мавзолею пристроили огромную дарвазу (громадный портал), оставшуюся незавершённой. Землетрясения 1868 и 1903 годов разрушили оба южные минареты. История сложения ансамбля “Гур-Эмир” стала предметом исследований в течение более ста лет учёными разных поколений. В 1941 году (21 июня) спецкомиссией было произведено вскрытие и отождествление захоронений, а затем скульптором-антроплогом М. М. Герасимовым созданы по черепам анатомические портреты Тимура и Улугбека. На надгробии Тимура начертано предостережение о том, что потревоживший покой Тимура будет подвергнут страданиям и погибнет. Эпиграфика надгробий изучена известным советским востоковедом А. А. Семёновым. В 1940-1950 г. г. археологи под руководством М. Е. Массона и В. А. Шишкиной вскрыли планировку медресе, ханаки и других утраченных частей ансамбля. Реставрационные работы продолжаются с конца сороковых годов двадцатого века. Археологи обнаружили также остатки подземной южной галереи, ведущей в склеп, и другие, ещё не изученные подземные камеры. В корпусе мавзолея заключён просторный и очень высокий квадратный зал, в котором установлены резные надгробия, вытесанные из мрамора, оникса и нефрита, украшенные орнаментальной и эпиграфической вязью. Собственно усыпальницей здесь является склеп с каменными саркофагами и простыми намогильными камнями. Стены зала, сталактитовые своды ниш, арочные паруса и чаша купола переливаются лазурью и золотом, нанесённым на штукатурку и рельефы из папьемаше, склеенные из самаркандской шёлковой бумаги. Внутренние стены сложены из жёлто-зелёного мрамора, расписаны синей краской и отделаны позолотой так, что в подкупольном пространстве создаётся эффект мерцания и воздушности всего внутреннего объёма макбары. Это великолепие высвечивается из мрака восстановленными ныне разноцветными витражами в верхних окнах.

Гур-Эмир поражает своими пропорциями и формами, напоминающими гигантский тюльпан: в основе проекта здесь также лежали пропорции квадрата главного зала, определившие все остальные размеры здания (сторона зала и диаметр купола внутри – 10 м, наружный диаметр купола равен диагонали этого квадрата – 14,6 м). Высота купола – 12.5 м

На строительстве и над украшением мавзолея работали лучшие мастера из Могулистана и Индии, Мавераннахра и Хорезма, Персии и Грузии. Амир Тимур из своих походов привозил лучших мастеров, специалистов своего дела: столяров и краснодеревщиков, золотых дел мастеров и золотошвеек, гончаров и каллиграфов.

Вознесённая ввысь голубая ребристая шапка двойного купола на высоком цилиндрическом барабане, венчает восьмигранную призму, динамичный геометрический орнамент кирпичной мозаики, гармония светотени и цвета, тонкий ажур решёток – создают незабываемый архитектурный образ благородства, величия, вечности, усиленный художественным эффектом сумрачного роскошного украшенного интерьера.

Прах великого воина, амира Тимура, мир ему и милость, и благость Милостивого и Милосердного, царя царей, покоится под тёмно-зелёным нефритовым надгробием, выделяющееся своей строгой красотой. 

Всемирно известный мавзолей Гур-Эмир стал последним пристанищем великого воина – Тимура. (Подобно великому русскому полководцу, генералиссимусу России, графу Рымникскому, князю Италийскому Александру Васильевичу Суворову, амир Тимур Гурган не потерпел ни одного поражения).

Сам амир завещал похоронить себя на родине, в Шахрисабзе. Там он распорядился построить мавзолей для любимого сына Джахангира и устроил склеп для своего тела. Однако соратники и наследники приняли решение похоронить его в столице – Самарканде, Лике Земли.